- Зоологический музей НИ ТГУ — проспект Ленина 36
- Минералогический музей им. И.К. Баженова — проспект Ленина 36
- Минералогический музей НИ ТПУ — Советская 73
- Музей археологии и этнографии Сибири им. В.М. Флоринского — проспект Ленина 36
- Музей истории г. Томска — Бакунина 3
- Музей истории НИ ТГУ — проспект Ленина 36
- Музей истории НИ ТПУ — проспект Ленина 30
- Музей истории пожарной охраны — площадь Ленина 15а
- Музей истории ТГАСУ — площадь Соляная 2к5
- Музей истории ТУСУР — проспект Ленина 40
- Музей торфа ТГПУ — Киевская 60
- Палеонтологический музей им. В.А. Хахлова — проспект Ленина 36
- Первый музей славянской мифологии — Загорная 12
- Проект Икс — проспект Ленина 174
- Следственная тюрьма НКВД — проспект Ленина 44
- Сувенирная лавка — Загорная 12
- Томский музей деревянного зодчества — проспект Кирова 7
- Томский музей леса — Комсомольская (Тимирязево) 9а
- Томский областной краеведческий музей им. М.Б. Шатилова — проспект Ленина 75
- Томский областной художественный музей — переулок Нахановича 3